C'est au XIIIe siècle que les Augustins s'installent à Marseille, au-dessus de la rue d'Aubagne, ils seront déplacés au XIVe siècle à l'intérieur des remparts de la ville. L'église des Augustins a été élevée au bord du Vieux-Port à partir de 1447. Alors inachevée, le Pape y célèbre en octobre 1533, le mariage de sa nièce Catherine de Médicis avec le duc d'Orléans, futur roi de France sous le nom d'Henri II. Si la consécration de l'église eut lieu le 15 janvier 1542, la construction ne s'achevât qu'en 1588. Pendant la Révolution les Augustins sont chassés, et en 1792, l'église servie d'entrepôt, ce qui la sauva de la démolition. En 1801, la nouvelle façade est construite et en 1803 l'église des Augustin obtient le nom de Saint-Ferréol les Augustins.